刷式自清洗过滤器的运行模式主要包括正常工作模式和引力超清洗模式。

在正常工作模式下，液体由进口进入机体，通过过滤器进行过滤。滤芯会对液体进行过滤，使液体中的杂质沉积在不锈钢滤网上。当进口的压力与出口的压力达到设定值时，系统会自动启动自清洗程序。传感器将信息传给配电系统，配电系统接收压力信号后，会启动电动马达带动刷子旋转，对滤芯进行清洗。同时，排污阀会打开进行排污。清洗时间可以根据需要进行设置，清洗结束后，阀门关闭，电机停止运转，系统恢复至初始状态，开始进入下一个过滤工序。

当正常工作模式连续重复多次后，滤芯内壁上可能会形成顽固污垢层，这时就需要启动引力超清洗模式。在引力超清洗模式下，电机带动刷子转动，而出水口阀门关闭，使过滤器设备滤芯内外形成压力平衡状态。这样，顽固污垢就很容易被刷子清理掉。清洗过程中，排污阀门会打开，将污物排放出去。清洗结束后，排污阀门关闭，出水口阀门打开。